下のようにstopメソッドを実行した場合、animateメソッドで仕込んでいたコールバックが発火するというのに今更ながら気がつきました。
<div id="container"
    style="border:solid 1px red;height:100px;width:100px;">
</div>
<div>
 <input type="button" value="Stop" id="lv_stop">
</div>
<script>
jQuery(function($){
 var nTimerId = setTimeout(function(){
  $('#container').animate({
   'marginLeft':'1000px'
  },5000,function(){
   console.log('hoge')
  });
  $('#lv_stop').bind('click',function(event){
   event.preventDefault();
   $('#container').stop(true,true);
  });
 },2000);
});
</script>
もちろん、下のソースでもキックされます。
<div id="container"
    style="border:solid 1px red;height:100px;width:100px;">
</div>
<div>
 <input type="button" value="Stop" id="lv_stop">
</div>
<script>
jQuery(function($){
 var nTimerId = setTimeout(function(){
  $('#container').animate({
   'marginLeft':'1000px'
  },5000,function(){
   console.log('hoge')
  });
  $('#lv_stop').bind('click',function(event){
   event.preventDefault();
   $('#container').stop(false,true);
  });
 },2000);
});
</script>
当初、コールされるとはまったく思っていなかったので、今後、実装する場合に、気をつけたいですね。